本次会议的主题是：以邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导，认真学习贯彻十八大精神，深入学习贯彻中央领导同志关于科技创新系列讲话和对中科院工作指示精神。认真分析国际、国内科技发展的新形势、新要求，紧密围绕“创新2020”跨越发展体系总体布局，深入研究推进院层面重大产出、深化与发展中国家科技合作、加强党建和领导班子建设等重点工作，全面总结2012年工作，研究提出2013年重点工作任务。
会议学习讲座阶段，邀请科技部党组书记、副部长王志刚作了《充分释放科技体制改革红利，扎实推进创新驱动发展战略》专题报告，白春礼作了《明晰定位、认清责任、强化管理、狠抓落实》学习辅导报告。研究工作阶段，审议了院层面18项重大产出进展情况、国际化推进战略、进一步加强和改进党建工作的报告以及2013年度院工作会议主报告，明确了下一步工作的思路。
会议深入分析发展环境，把握发展全局，进一步明确了中科院新时期的使命和定位。大家认识到，党的十八大勾画了全面建成小康社会的宏伟目标，明确了“五位一体”建设的总布局，做出了“四化同步发展”、实施创新驱动发展战略等重大战略部署，对科技工作提出了更高要求。作为国家科研机构，中科院的战略选择必须体现国家的新要求，进一步发挥好科技“火车头”作用，坚持立足国家重大需求、服务国家经济社会发展的基本出发点，坚持遵循科技发展内在规律的本质，按照“创新2020”跨越发展体系要求，加快提升自主创新能力，加快提升服务发展的水平，不断做出基础性、战略性、前瞻性的重大创新贡献，促进科技与经济紧密结合，发挥科技的支撑引领作用。
会议认为，中科院必须坚持创新科技、服务国家、造福人民，切实履行好国家科研机构的职责。从支撑服务创新驱动发展、迎接新科技革命和产业革命挑战出发，立足优势、抓住重点，一手抓创新产出，一手抓成果应用，着力促进出重大创新成果、出优秀杰出人才、出深刻前瞻思想。院层面要积极关注第三次工业革命兴起、学科交叉融合趋势、大数据浪潮等新变化新特点，适时调整战略重点，策划部署新的重大科技任务。研究所层面要重点抓好“一三五”规划落实，改革科技评价，注重发挥院外和国外专家的作用，加强执行情况的指导、检查和交流，及时调整目标、方向、策略。
会议认为，中科院要立足优势突出重点，深化改革突破难点，努力实现一流的管理、一流的效益。要着眼于建设出成果出人才出思想“三位一体”和科研院所、学部、教育机构“三位一体”的中国科学院，在思想观念上有新的转变，在产出目标上有新的谋划，在组织管理上有新的变革，建立三者协调运行、有机统一的管理体制。
会议指出，全院2013年要全面贯彻落实十八大精神，按照“创新2020”跨越发展体系总体部署，以提高科技产出质量和贡献为中心，深入实施“一三五”规划，抓好重大成果产出，深化科技评价改革，加快推进一流管理，深化拓展国际化工作，实现“三位一体”中国科学院建设的新跨越。
会议部署，近期要重点抓好十八大精神学习贯彻、院层面18项重大产出、战略性先导科技专项、科技评价改革、“三位一体”管理改革、国际化推进战略、院士增选、院2013年工作会等十项工作，明确了负责每项工作的院领导和落实部门。