中科院的组织结构是以学科为本位的，科学院人应特别具有自己的学科意识和专业立场。中科院的办院方针是“面向国家战略需求，面向世界科学前沿，加强原始科学创新，加强关键技术创新与集成，攀登世界科学高峰，为我国经济建设、国家安全和社会可持续发展不断作出基础性、战略性、前瞻性的重大创新贡献”。这个方针与国家的“科教兴国”“可持续发展”和“创新驱动发展”三大战略完全吻合。它成为凝聚全体科学院人的组织目标，沉淀着求真至上、人才为本、战略关怀和协同精神的组织文化，也宣示着几十年来科学院人的历史担当。
在世界史上，16～17世纪科学革命的进程中，诞生了国家科学院这类组织机构。进入20世纪，中国科学事业的先驱者在探索科学体制化的过程中，确立了适合本国国情的、以中央研究院为主导的体制模式。中国科学院继承了民国时期的科学遗产，打造了新中国科学事业的组织基础，凝聚了包括几代科学精英和上世纪50年代海归在内的科研队伍。1955年6月，成立中国科学院学部后，形成了国家最高学术机构与综合研究中心相复合的特殊组织模式。
在面对核讹诈的国际环境中，为了长远的国家安全，毛泽东主席在1955年初作出了“要搞原子弹”的战略决策。要搞原子弹，就必须依靠科学家。1956年1月，中共中央召开知识分子问题会议，提出要向现代科学进军。周恩来总理在报告中指出：“要用极大的力量来加强中国科学院，使它成为领导全国提高科学水平、培养新生力量的火车头。”同年3月起，以学部为基础，集中了全国600多位科学家，按照“重点发展，迎头赶上”的方针，采取“任务带学科”的原则，对各部门的规划进行综合，8月下旬完成编制任务。这是中国历史上，也可以说是世界历史上，由政治领袖与科学精英合作产生的一部杰作。以它为蓝图，政治家提出的强国目标与科学家的报国理想高度耦合，中国科学院也因此进入了“文革”前的“黄金十年”。
在《1956-1967年科学技术发展远景规划（草案）》规定的57项重要任务中，以科学院作为“主要负责单位”的有8项，以科学院作为“联合负责单位”的有15项，另有科学院作为“主要协作单位”参加的有27项，三项合并占总项数的87.7%。
通过实施十二年规划，我国建成了自己的现代科技体系，中科院成为实现国家目标的重要战略资源。
当年担任中科院党组书记的张劲夫同志，在后来的“揭密”文章中说：参加“两弹一星”研制任务的科研人员占到全院科研人员的三分之二。中科院为配合二机部搞原子弹和氢弹，把以钱三强为所长的整个研究所交给了二机部。为了配合国防部五院搞导弹，把钱学森所长等大批科研骨干调了过去。科学院与二机部、五院“三家拧成一股绳”，承担了“两弹”攻关中一系列任务，包括理论分析、科学实验、方案设计，研制以至批量制造各种新型材料、元件和仪器设备。至于人造卫星，地球物理所所长赵九章在其中发挥了重要作用。从构思到建议皆由中科院提出，并为此组建了“651设计院”。后在中央专门委员会的领导下，由中科院负责整个系统的技术抓总并研制卫星本体，七机部负责运载工具，中科院和四机部共同负责地面测控系统。（至1968年组建七机部“空间技术研究院”时，该院三分之二的科研人员来自中科院的“651设计院”。）
中科院建院后不久，即决定选择中关村为“永久院址”。1953年年底，新中国的第一座科学实验大楼在中关村落成，然后由钱三强率本所人员进入而成为中国核科学的摇篮（后称“原子能楼”）。1957年以后，在实施十二年规划的进程中，随着配合“两弹”攻关，开创人造卫星事业，落实四大紧急措施（计算机、半导体、电子学、自动化）的前进步伐，迅速扩展为略具规模的中关村科学城。斯地之崛起，实可视为共和国科学事业之缩影。至改革开放时期，有“中关村科技园区”之兴，虽已超出中科院的范围，但已演化为高科技图腾的“中关村”三字，恰成为科学院人历史担当的辉煌印记。
建院65年来，除“两弹一星”外，科学院人在基础研究领域以及在以科研成果服务经济建设和国家安全的诸多方面，都作出了重要贡献。这里特别有必要提及不同于“两弹一星”的另一大类贡献，虽不那么惊天动地，却可说是经天纬地。
列在十二年规划中的前几项重要任务，是编制“中国自然区划与经济区划”，对藏、新、青、甘、蒙等地区的综合考察，对热带地区特种生物资源和全国重要河流水利资源的综合考察，并要在考察基础上研究提出开发方案。中科院生物学、地学方面的大批科研力量投入了这一战场，竺可桢副院长在其中发挥了最为突出的作用。他亲自筹划建立了自然资源综合考察委员会并兼任主任，与各方协调，组织了一系列考察队。他在70岁前后，以年迈之躯奔波在大河流域、西部高原和北漠南疆，足迹遍及除西藏和台湾以外的全国各个省区，在全国布置了略具规模的研究机构和考察台站网络，并直接促进了在冰川、冻土、沙漠和青藏高原综合研究等许多新兴研究领域的拓荒与耕耘。
继任综考会主任并后任中科院副院长的孙鸿烈先生指出：我国区域综合考察和自然资源的综合研究事业，近半个世纪以来已经取得丰硕的科研成果，为国家经济社会发展决策提供了大量的科学依据，特别是为当前着力进行的西部地区建设起到了重要作用。我们可以告慰竺老的是，这一事业正随着时代的发展而不断前进，它不仅在区域尺度上，而且在国家尺度和典型地域3个层次上，为探讨资源的合理开发利用与经济社会的可持续发展努力作出自身的贡献，在我国经济社会发展和科技进步中发挥着越来越重要的作用。
1988年，中国科学院创建了“中国生态系统研究网络（CERN）”，确定了生态系统监测、研究与示范3项核心任务，制定了统一的观测指标体系和试验研究仪器设备，实现了由各个生态站分散观测研究到联网观测研究的飞跃。分布在全国不同区域、分别由中国科学院21个研究所管理的42个生态系统研究站，包括了农田、森林、草原、荒漠、沼泽、湖泊、海洋、城市等生态系统类型。该研究网络率先开展长期定位观测研究和跨站联网研究，实现了生态学研究走向国际前沿的跨越发展。它在我国粮食主产区和脆弱生态区，研发了高效生态农业、草地保护利用、水土保持、沙漠化防控、退化湖泊治理等56项技术模式，为保障国家生态安全和粮食安全提供了关键技术和优化模式，为我国生态建设和农业发展作出了重大贡献，成为国家实施可持续发展战略的重要抓手和载体。
在建院65周年的纪念活动中，我有幸在中国科学院学术会堂与青年朋友共同畅叙科学院人的光荣与梦想，心中有无限感慨。我早上走到老中关村的东口处，仰望着庄严的学术会堂，仰望着牛顿和爱因斯坦这两位世界科学伟人的雕像，想起了钱玄同先生当年给他儿子钱三强“从牛到爱”的题字。钱老先生是新文化运动的干将，“民主”与“科学”是新文化运动的两面旗帜。“从牛到爱”，寄寓着前辈对后辈的梦想。钱三强先生为了这个梦想贡献了他的一生，堪称“两弹一星”元勋第一人，是科学院人的骄傲。
青年朋友们：一代一代科学家开拓与创造了今天的科学事业，而缅怀前贤的最好纪念，就是从他们的肩上接下这份历史担当。历史是个长长的画卷，你们已走进画卷之中，衷心期望和祝福你们在这画卷中留下深深的足迹。（作者系中科院科技政策与管理科学研究所研究员，见习记者王珊根据“我心中的中国科学院”院史知识竞赛专题报告会整理）
（原载于《中国科学报》 2014-10-23 第1版 要闻)